San Juan es desde siempre tierra de chacras y cultivos. Por lo que la agroindustria es una consecuencia natural. Sus conservas y pasas son famosas en el mundo. Sin embargo el gran salto productivo se dio en las últimas décadas.
En una provincia tradicionalmente volcada al agro como San Juan, la agroindustria se convirtió naturalmente en la principal estructura productiva de la economía sanjuanina, sostenida principalmente por los sectores de las pasas, el aceite de oliva, las conservas de tomates, hortalizas, aceitunas y frutas. Sin nombrar a la vitivinicultura que por su peso específico se la considera aparte (ver páginas 30 y 31).
La industria de las pasas es la más antigua teniendo en cuenta que el cultivo de la uva tiene varios siglos. Nació en forma artesanal y al principio eran pocos los que hacían pasas. Muchos menos quienes podían exportarlas como ocurre hoy. Un poco más tarde -en los años 40- llegó la industria conservera, principalmente la tomatera.
Pero la verdadera modificación del perfil agroindustrial local se produjo a partir de 1983. Primero con la entrada en vigencia del regímenes de Promoción Industrial. Y luego, en los 90, con el sistema de Diferimientos Impositivos (Ley nacional 22.973). Eso dio lugar a la llegada de inversiones y a la instalación de la gran agroindustria.
En pasas, San Juan se convirtió en la principal productora y exportadora del país y sólo ese producto representa el 9,6% de exportaciones de la provincia. La industria de preparados de frutas, hortalizas y legumbres se compone de un conjunto de establecimientos dedicados fundamentalmente a la producción de hortalizas en conserva: tomates, arvejas, choclo, porotos, así como también frutas en conserva y desecadas. En la actualidad existe una firma de mayor tamaño que cuenta con buena infraestructura y una de mediana dimensión. Las restantes empresas son más pequeñas, incluidas empresas familiares.
La industria conservera tuvo tradicionalmente problemas de abastecimiento de materia prima, específicamente en tomate, lo que constituyó una limitación para el crecimiento del sector. A partir de 1996, y por un esfuerzo del sector privado y público, creció la superficie implantada, lo cual facilitó la concreción de inversiones en la etapa industrial. La mayor producción va al mercado interno pero esta dando los primeros pasos a la exportación: Pasó de 30 mil dólares en 1998, a 3 millones en el 2005.
El sector aceitero es el mas nuevo y está empezando a vivir un gran auge al entrar en producción las plantaciones de aceitunas: Hay un 60% en producción y al 2009 se sumará el 40% restante. Desde los años sesenta, las exportaciones de aceite de oliva tienen una tasa de crecimiento anual del 11% pasando de exportar 268 mil dólares en 1961 a 8,3 millones en el 2005.